枝を切り込む作業適期は３月下旬頃。でもこれは休眠期の剪定適期であり、本当は年間に何回も剪定するチャンスがあります。直射日光で傷みやすい真夏、それに凍結が心配な真冬を除けば、ほとんど年中剪定できると考えてもよいでしょう。水やりの時はいつもポケットにハサミを入れておく、それくらい剪定の頻度は高いものです。
そこで大切なのが、よく切れるハサミを使うこと。たとえば病院で手術を受けるとき、錆び付いたメスより切れ味の良いメスで切ってもらった方が傷口の治りが早いのと同じように、幹や枝を切る時も、よく切れる刃物を使うというのが基本です。
そのため、プロの盆栽屋さんのところでは、作業前によくハサミを研いでいます。作業の途中でも、ちょっと切れ味が鈍ればすぐ砥石を取り出します。料理人の世界と同じように、持っているハサミの切れ味で、仕事ができるかどうかが判断されてしまうくらいです。
たったひとつの芽や、小さな芽あたり（そこから芽が吹き出すだろう目印）に注目し、伸びる芽の方向や長さなどを予測しながらハサミを入れるのは、おそらく盆栽だけでしょう。ひと芽に対するこだわりが樹形の完成度を高めてくれます。
でも芽にばかりとらわれていては樹形がつくれません。一歩下がって全体のバランスを見渡しながら、しかもひとつひとつの芽にまで気を配ってハサミを入れる。これが盆栽のせん定方法です。

樹種によって芽の出方が違い、剪定の方法も異なってくる。例えば１節だけ残して切った場合、対生の樹種なら２芽が伸びるが互生のものは、１芽しか伸びない。輪生する樹種は早めに芽を整理しないと、芽もとがコブになりやすい

一口に剪定といってもいろいろな種類があります。場面に応じて切る場所も違えば呼び名も変わり、使う道具さえ異なってきます。
まず、いらない枝を元から切り落とす場合。これは「枝抜き」ともいわれ、特に太い枝を切り落とすなら春の彼岸頃が作業適期になります。
長い枝を短くする場合、枝の出岐までたどって切るか、内側にある芽を目当てに切り込むので「切り戻し」や「追い込み」などともいわれます。枝や樹芯を枝岐れで切断し、別の枝に切り替えることもよくあります。これは「立て替え」と呼ばれます。
これらの切り戻しや小枝の切り込みは、真夏と真冬を除けばいつでもできますが、最適期といえば雑木類が落葉直後、松柏類が３月頃になります。
このほかに、新梢の育ちすぎを防ぐために先端を切って止める場合の作業適期は生長期、つまり春から梅雨頃までになります。
いつも小さく維持しておかなければならない盆栽にとって、剪定は必要不可欠な作業です。切ること自体は非常に単純なことですが、いつ、どこを切るかはすべて目的によって異なります。
小さく切り込むためには、立て替えるべき枝や芽がないといけません。内側に芽や枝岐れがあるからこそ、大きくなってしまった枝を切ることができるのです。
この内側の芽や枝のことを「フトコロ芽（枝）」といいます。外側の芽や枝が大きくなっていくに従い、内側の日照・通風条件が悪くなり、フトコロ芽はどんどん衰弱していきます。フトコロ芽がなくなってしまえば切り込めなくなるので、フトコロ芽を元気に維持するよう努めなければなりません。必要に応じて外側の枝や芽の力を抑制して、フトコロの条件を良くするというのが、盆栽を育てていく上で非常に重要になります。